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          illumina二(er)代(dai)測序(xu)儀(yi)

          更新(xin)時間(jian):2022-06-12

          簡要描述:

          illumina二(er)代(dai)測序(xu)儀(yi)MiSeq系統可(ke)通過各(ge)種測(ce)序(xu)應(ying)用為(wei)您的研究(jiu)提供便利(li)。它(ta)能(neng)夠自動(dong)生(sheng)成雙端(duan)read,每次運行的產出高達(da)15 Gb,每(mei)條read可(ke)提供600多個(ge)堿基的測序(xu)數(shu)據(ju)。它(ta)使用的文庫(ku)制(zhi)備試劑盒已針(zhen)對(dui)多種應用進(jin)行了優(you)化(hua),包(bao)括靶(ba)向基因測(ce)序(xu)、小(xiao)型(xing)基因組(zu)測序(xu)、擴(kuo)增(zeng)子測(ce)序(xu)、16S宏基因組(zu)學等。

          Illumina公(gong)司推(tui)出MiSeq是壹(yi)臺在單(dan)個(ge)儀器(qi)上(shang)整(zheng)合了擴(kuo)增(zeng)、測序(xu)和(he)數(shu)據(ju)分(fen)析的新款(kuan)測(ce)序(xu)儀(yi),每次運行能(neng)產生(sheng)超(chao)過1Gb的數(shu)據(ju),且占地(di)面積(ji)僅為(wei)2平方(fang)英(ying)尺。MiSeq的流程和(he)準(zhun)確(que)性(xing),讓它(ta)成為(wei)快(kuai)速且(qie)經(jing)濟的遺傳(chuan)分(fen)析的理想平臺,適(shi)合(he)廣(guang)泛(fan)的應用。同(tong)時Illumina已被FDA大量采(cai)購並(bing)即將(jiang)通過FDA認證(zheng),12年(nian)10月,MiSeq系(xi)統的測序(xu)通量已升級至(zhi)8G左右(you)。升級通過兩個(ge)方面完(wan)成,壹(yi)個(ge)是cluster密(mi)度的增大,升(sheng)級後(hou)cluster密(mi)度增(zeng)加至(zhi)15-17million,而(er)pair-end讀(du)取(qu)的reads數(shu)目將會(hui)增(zeng)加至(zhi)30-34million;另(ling)壹方面是通過測序(xu)讀(du)長而(er)提升通量,測序(xu)讀(du)長達到(dao)2*300bp,同時測序(xu)速(su)度也(ye)有所(suo)提升。目前,Broad研究院(yuan)已經(jing)利(li)用現(xian)有試劑實現(xian)了單端(duan)測序(xu)300bp讀(du)長,Illumina目前內部測(ce)序(xu)更(geng)是完(wan)成了2*400bp的pair-end測序(xu)。而(er)這(zhe)些,都是保證(zheng)在(zai)高質(zhi)量數(shu)據(ju)結果(guo)的前提下完(wan)成的。


          MiSeq性(xing)能(neng)參數(shu)


          Illumina MiSeq測(ce)序(xu)時(shi)間(jian)和(he)數(shu)據(ju)量


          讀(du)長(bp)時(shi)間(jian)總數(shu)據(ju)量Q30
          1×36~4 hrs540-610 Mb﹥90%
          2×25~5.5 hrs750-850 Mb﹥90%
          2×100~16.5 hrs3.0-3.4 Gb﹥85%
          2×150~24 hrs4.5-5.1 Gb﹥80%
          2×250~39 hrs7.5-8.5 Gb﹥70%



          Illumina MiSeq讀(du)取(qu)量比對(dui)


          運(yun)行類型(xing)通過過濾的讀取(qu)(百(bai)萬(wan))
          升(sheng)級前(qian)升(sheng)級後(hou)
          單(dan)端(duan)讀取(qu)5-7 M15-17 M
          末端(duan)配對讀(du)取10-14 M30-34 M


          工(gong)作(zuo)流程


          illumina二(er)代(dai)測序(xu)儀(yi) MiSeq四大特性(xing)

          1、較(jiao)短的實驗(yan)周(zhou)期(qi):從樣(yang)品制(zhi)備開(kai)始(shi)需要8小時(shi)即可(ke)得到(dao)超(chao)過100M的高質(zhi)量測序(xu)結(jie)果。

          2、便捷的樣(yang)品制(zhi)備流程:需50ngDNA模(mo)板(ban),2小時(shi)的自動(dong)化操(cao)作(zuo)就(jiu)可(ke)以(yi)完(wan)成全(quan)部樣(yang)品制(zhi)備工(gong)作(zuo)。

          3、測(ce)序(xu)原(yuan)理:MiSeq繼(ji)續(xu)GA和(he)HiSeq平臺的邊合(he)成邊(bian)測(ce)序(xu)的化學原(yuan)理。

          4、完(wan)整的整合(he)功(gong)能(neng):MiSeq可以(yi)獨(du)立完(wan)成簇(cu)生(sheng)成,雙向測序(xu)及數(shu)據(ju)分(fen)析工(gong)作(zuo),讓經(jing)費和(he)實(shi)驗(yan)室(shi)空間(jian)不(bu)再成為(wei)NGS研(yan)究的障礙(ai)。


          illumina二(er)代(dai)測序(xu)儀(yi) MiSeq應用範圍(wei)

          1、轉(zhuan)錄組(zu)測序(xu)

          派森諾MiSeq測(ce)序(xu)平臺是基因組(zu)已測序(xu)物(wu)種的轉(zhuan)錄組(zu)分(fen)析平臺。公(gong)司技(ji)術(shu)團隊目前已完(wan)成了包(bao)括斑馬(ma)魚(yu)在(zai)內(nei)的多種(zhong)植(zhi)物、動物(wu)的轉(zhuan)錄組(zu)測序(xu)及分(fen)析。


          2、宏基因組(zu)16S rDNA單V區(qu)測序(xu)

          對(dui)16s rDNA的單V區(qu)(V3\V4)進(jin)行高通量測序(xu),鑒(jian)定(ding)細菌(jun)群(qun)和(he)古(gu)生(sheng)菌群(qun)。派森諾的技(ji)術(shu)團隊使(shi)用Illumina MiSeq測(ce)序(xu)16S rDNA V4區(qu)並(bing)結合(he)Roche 454 FLX+測序(xu)16S rDNA V1~V3區(qu)成功(gong)的對雞的腸道環境(jing)細菌(jun)進(jin)行了鑒(jian)定(ding)。


          3、Small RNA測(ce)序(xu)

          1*35bp的讀長配合了小RNA的測序(xu)長度,速(su)度快(kuai),靈敏度高。派森諾的技(ji)術(shu)團隊目前已完(wan)成了鵝的小RNA測(ce)序(xu)和(he)多(duo)種(zhong)中(zhong)草(cao)藥(yao)的小RNA測(ce)序(xu)。


          4、重(zhong)測(ce)序(xu):包(bao)括全(quan)基因組(zu)重測(ce)序(xu)、簡化基因組(zu)測序(xu)、外顯(xian)子測序(xu)。

          Illumina MiSeq非(fei)常(chang)適(shi)用於(yu)對微(wei)生(sheng)物基因組(zu)的重測(ce)序(xu),每(mei)次運行即可(ke)完(wan)成壹(yi)個(ge)微(wei)生(sheng)物基因組(zu)測序(xu)。2026年(nian)01月07日,派森諾的技(ji)術(shu)團隊利(li)用MiSeq壹(yi)次運行同(tong)時完(wan)成了乳酸(suan)菌(jun)(Lactobacillus casei Zhang和(he)Lactobacillus casei P8)的重測(ce)序(xu),基因組(zu)覆蓋(gai)深(shen)度為(wei)分(fen)別為(wei)404倍和(he)213倍(bei),比對(dui)至(zhi)參(can)考序(xu)列,基因組(zu)實現(xian)全(quan)覆蓋(gai),同時(shi)檢測(ce)到(dao)了多種結構變異,包(bao)括插(cha)入、缺(que)失(shi)和(he)SNP位(wei)點,並(bing)且檢(jian)測到(dao)了全(quan)部質(zhi)粒。


          數(shu)據(ju)展示(shi)

          * 以(yi)上(shang)產(chan)品介紹(shao)及數(shu)據(ju)來源(yuan)於(yu)Illumina,僅供參考,以(yi)Illumina為準(zhun)。



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