如(ru)何(he)走(zou)出認識(shi)Bio-Rad_iCycler iQ熒光(guang)定量PCR儀的(de)誤(wu)區(qu)?
Bio-Rad_iCycler iQ熒(ying)光定量PCR儀因操作(zuo)方便、運(yun)行(xing)速(su)度(du)快(kuai)、實(shi)驗(yan)結(jie)果準確(que),受(shou)到越(yue)來(lai)越(yue)多(duo)的(de)分(fen)子(zi)生(sheng)物學研究(jiu)者青(qing)睞(lai)。在(zai)實(shi)驗(yan)技(ji)術成(cheng)熟(shu)的(de)今(jin)天,也(ye)許對(dui)妳來(lai)說(shuo),難得(de)不是實驗(yan)技(ji)術上的(de)問題——而是選擇(ze)哪(na)壹種熒光(guang)定量PCR儀——妳要(yao)征詢(xun)實驗(yan)室(shi)成(cheng)員(yuan)的(de)意(yi)見(jian)、分(fen)析實驗(yan)室(shi)目(mu)前(qian)乃(nai)至將來(lai)的(de)需求、平衡實(shi)驗(yan)室(shi)的(de)預算,更要(yao)詳細(xi)研究(jiu)各(ge)種極(ji)富you惑力的(de)宣(xuan)傳資料。面(mian)對(dui)各(ge)種不同(tong)性(xing)能的(de)產(chan)品(pin),您(nin)又該(gai)如(ru)何(he)選擇(ze)呢(ne)?
建議(yi)大家(jia)走(zou)出認識(shi)熒光(guang)定量PCR的(de)兩個誤(wu)區(qu):
誤(wu)區(qu)壹:儀(yi)器(qi)通(tong)道(dao)越多越(yue)好
隨著(zhe)PCR技(ji)術的(de)成(cheng)熟(shu)運用,多(duo)重(zhong)擴增越(yue)來(lai)越(yue)熱(re)鬧(nao),熒(ying)光(guang)定量PCR儀也(ye)不(bu)能幸免(mian)。從(cong)初ABI公司(si)推(tui)出的(de)單(dan)通(tong)道(dao)熒光定量PCR儀發展(zhan)到如(ru)今(jin)各(ge)個廠家(jia)都推(tui)出4通(tong)道(dao)、5通道(dao)甚(shen)至6通(tong)道(dao)熒光定量PCR儀,眼花(hua)繚亂(luan)的(de)選擇(ze)讓(rang)人(ren)無(wu)所適(shi)從(cong),就(jiu)有人(ren)壹不(bu)小心(xin)走(zou)進(jin)了“通道越(yue)多(duo)越(yue)好”的(de)誤(wu)區(qu)。
在(zai)使用有(you)些廠(chang)家(jia)5通道(dao)的(de)熒光(guang)定量儀時(shi),為(wei)了(le)確(que)保(bao)實驗(yan)結(jie)果的(de)性(xing)和準確(que)性(xing)都要(yao)在(zai)實(shi)驗(yan)中(zhong)使用ROX(壹種熒光(guang)染料)或的(de)Reference dye ,這些(xie)熒光(guang)染(ran)料都必(bi)須單(dan)獨使用壹個檢(jian)測(ce)通(tong)道。這(zhe)樣以來(lai),真(zhen)正(zheng)能檢(jian)測(ce)多(duo)重(zhong)PCR熒光信(xin)號的(de)有效通道只有(you)4個,而且使用校(xiao)正染(ran)料可能會增(zeng)加(jia)後期的(de)使用成(cheng)本。有(you)的(de)熒光(guang)定量PCR的(de)檢(jian)測(ce)通(tong)道是只為(wei)自已廠(chang)家(jia)的(de)的(de)熒光(guang)染料或試劑(ji)開(kai)放(fang)的(de),有效檢(jian)測(ce)通(tong)道也(ye)絕(jue)非像(xiang)宣(xuan)傳資料中宣(xuan)稱的(de)那麽(me)多。在(zai)購(gou)買(mai)前(qian)確(que)認熒光定量PCR儀器(qi)的(de)有效檢(jian)測(ce)通(tong)道尤(you)為(wei)重(zhong)要(yao),不(bu)能單(dan)單(dan)只(zhi)聽宣(xuan)傳。
考慮(lv)多重(zhong)熒光定量PCR的(de)通道(dao)數的(de)時(shi)候(hou)也(ye)應(ying)該(gai)從(cong)實(shi)驗(yan)室(shi)實(shi)際(ji)情(qing)況出發(fa),多(duo)重(zhong)PCR並非人(ren)人(ren)適(shi)用、人(ren)人(ren)可(ke)用,因為(wei)它使實驗(yan)復(fu)雜(za)化(hua)了(le),況且大多數(shu)實(shi)驗(yan)室(shi)熒(ying)光(guang)定量實驗(yan)常(chang)年(nian)只(zhi)使用SYBRGreen壹種染料,實在(zai)沒有(you)必(bi)要(yao)選(xuan)購(gou)更多通(tong)道。
誤(wu)區(qu)二:Bio-Rad_iCycler iQ熒(ying)光定量PCR儀無需梯度(du)功能
對於使用染(ran)料法的(de)定量PCR反應(ying),雖然(ran)有(you)各(ge)種各(ge)樣(yang)的(de)PCR引物(wu)設計(ji)軟(ruan)件(jian)或者經驗(yan)公式(shi)計(ji)算熔解(jie)溫(wen)度(du)(Tm值),但運用的(de)公式(shi)不(bu)同(tong)、引物序列(lie)不同(tong),Tm值的(de)差異(yi)會(hui)很(hen)大。引物(wu)的(de)熔解(jie)溫(wen)度(du)決定了退(tui)火(huo)溫(wen)度(du)。而且模版中堿(jian)基(ji)的(de)組(zu)合(he)千變(bian)萬(wan)化,對(dui)於特殊(shu)片斷(duan),經驗(yan)公式(shi)得(de)到的(de)數據不壹定能得出準確(que)的(de)結果,退(tui)火(huo)溫(wen)度(du)細(xi)微(wei)的(de)差異(yi)對(dui)結(jie)果都可能產(chan)生(sheng)決定性(xing)的(de)影響(xiang),因而“摸(mo)條(tiao)件(jian)”壹度(du)是讓人(ren)很(hen)頭疼(teng)的(de)問題。梯度(du)PCR的(de)出現(xian)部(bu)分(fen)解決了(le)壹些(xie)問題——在(zai)反應(ying)過程中每(mei)個孔的(de)溫(wen)度(du)控(kong)制(zhi)條(tiao)件(jian)可(ke)以在(zai)範(fan)圍(wei)內(nei)按照(zhao)梯度(du)變(bian)化(hua),根據結果,壹步就可(ke)以摸(mo)索(suo)出適(shi)合的(de)反應(ying)條件(jian)。
不(bu)單(dan)退(tui)火(huo)溫(wen)度(du),連變(bian)性(xing)溫(wen)度(du)和延(yan)伸(shen)溫(wen)度(du)都可(ke)以優(you)化(hua)——對於多種聚合(he)酶(mei)混合酶(mei)擴增的(de)多數(shu)高保(bao)真Taq酶(mei)來(lai)說(shuo)這(zhe)個非常(chang)重(zhong)要(yao),因為(wei)Taq和(he)校正酶(mei)的(de)*反應(ying)溫(wen)度(du)可能有顯著(zhu)差異(yi),優(you)化(hua)延(yan)伸(shen)溫(wen)度(du)就顯得很重(zhong)要(yao)。
使用有(you)梯度(du)功能的(de)Bio-Rad_iCycler iQ熒光(guang)定量PCR儀可以壹次(ci)完成(cheng)以往(wang)多次(ci)實驗(yan)才能完成(cheng)的(de)優化(hua)過程,簡化(hua)了(le)摸索(suo) PCR反應(ying)條件(jian)的(de)繁瑣(suo)實驗(yan),既(ji)節(jie)省實(shi)驗(yan)時(shi)間提(ti)率(lv),又節(jie)省實(shi)驗(yan)成(cheng)本。